課程資訊
課程名稱
次世代定序在分子生物學上的應用
Applications of NGS sequencing in Molecular Biology 
開課學期
110-1 
授課對象
生命科學院  基因體與系統生物學學位學程  
授課教師
朱雪萍 
課號
MCB5037 
課程識別碼
B43 U1530 
班次
 
學分
2.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期三3,4(10:20~12:10) 
上課地點
生科419 
備註
需修過分子生物學。時間地點另定,開學向授課老師查詢。
總人數上限:25人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1101MCB5037_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

次世代定序的方法已廣泛應用在探討分子生物學上的分子機制,但數據龐大,必須使用的大數據分析方法,一般生物背景的研究生大都缺乏大數據分析的能力。此外,在探討分子生物學上的分子機制中,目前科學界,正加速開發各種新式的次世代定序備置方法已解決各式各樣的生物問題,例如:疾病遺傳學,表觀遺傳學,核糖核酸與蛋白質的交互作用,核糖核酸的結構與剪切,DNA變異等等的課題都可利用次世代定序的方式來研究。此課程目標以培養具備大數據資訊分析,使分子生物學背景的學生,能廣泛使用此方法,來解決分子生物性問題。 

課程目標
1 培育具有大數據分析能力兼分子生物專業的人才
2 增進跨領域學習與交流
3 專業領域的增進與提升創新能力 
課程要求
各位同學好
因課程包含許多實作課程 線上上課較難掌控學生學習狀況
此課程目前申請實體上課

所以前三週 仍須到校上課

若到校上課困難者請告知 課程助教
所有課程仍會將上課影片上傳至 NTU COOL
 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
每週三 10:20~12:10 備註: 每週三 上午10-20-12-10 上課 上課地點為生命科學館 419電腦教室 
指定閱讀
待補 
參考書目
待補 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第2週
9/22  次世代定序在分子生物學上的應用簡介與原理
上課地點為 生科館 419電腦教室 
第3週
9/29  RNA-seq /ChIP-seq原理與應用工具  
第4週
10/6  請演講1-Linux 系統與國網使用--國網中心黃介瑋/賴俊吉 於生科館3A教室上課 
第5週
10/13  路資源應用:IGV, UCSC genome browser, David genome 
第6週
10/20  Unix系統 送job實作練習/SRA files/ Sequence alignment ---(RNA-seq analysis 1) 
第7週
10/27  邀請演講2--中研分生所 nanopore sequencing analysis
 
第8週
11/3   HT-seq count/R 工具的應用與實作—DEseq analysis, scatter plots (RNA-seq analysis 2) 
第9週
11/10  文獻討論1---學生報告NGS應用之技術
第7組: 趙珮安 楊辰萱 周姿吟
第6組: 李思穎 黃紹綺 江尚桓 于庭懿 
第10週
11/17  R 工具的應用與實作—heatmap, PCA, GSEA---繳交報告計畫摘要---(RNA-seq analysis 3) 
第11週
11/24  文獻討論2---學生報告NGS應用之技術
第2組: 潘冠妤 陳政諺 張維展
第5組: 劉義弘 郭亭萱 邵子恩 
第12週
12/1  文獻討論3---學生報告NGS應用之技術
第1組: 陳怡如 劉香伶 蔣依恬 毛鈞加
第3組: 徐源成 徐聲祐 林祐楨 黨沛騏
第4組: 粘庭碩 巫宗錡 郭泉浩 
第13週
12/8  邀請演講3-pipeline國網中心賴俊吉/黃介瑋 
第14週
12/15  個案討論報告與實作
第3組: 徐源成 徐聲祐 林祐楨 黨沛騏
第4組: 粘庭碩 巫宗錡 郭泉浩 
第15週
12/22  個案討論報告與實作
第2組: 潘冠妤 陳政諺 張維展
第1組: 陳怡如 劉香伶 蔣依恬 毛鈞加 
第16週
12/29  個案討論報告與實作
第7組: 趙珮安 楊辰萱 周姿吟
第6組: 李思穎 黃紹綺 江尚桓 于庭懿 
第17週
1/5  個案討論報告與實作
第5組: 郭亭萱 劉義弘 邵子恩 
第3-1週
10/03  期末報告摘要範例